Doanh nghiệp có thể được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi hàng hóa bị tổn thất không được bồi thường, tùy từng trường hợp và phải đáp ứng đủ điều kiện theo quy định pháp luật hiện hành (Luật Thuế GTGT 2024, Nghị định 181/2025/NĐ-CP). Dưới đây là chi tiết các trường hợp và điều kiện bắt buộc.
I. Các trường hợp được và không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào
1. Các trường hợp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi hàng hóa bị tổn thất
- Thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh.
- Hàng hóa mất phẩm chất, quá hạn sử dụng phải tiêu hủy.
- Các trường hợp tổn thất không được bảo hiểm bồi thường (tổn thất ngoài phạm vi bảo hiểm).
- Hao hụt tự nhiên trong quá trình vận chuyển, bơm rót (như xăng, dầu) không vượt quá định mức hao hụt theo quy định.
2. Các trường hợp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào
- Tổn thất do lỗi chủ quan: Người lao động làm hỏng hàng hóa, quản lý yếu kém, vận hành sai quy trình.
- Hàng hóa đã được bồi thường: Phần giá trị tổn thất đã được cơ quan bảo hiểm hoặc tổ chức, cá nhân khác bồi thường (trường hợp bồi thường bao gồm thuế GTGT).
- Hao hụt vượt định mức: Phần hao hụt tự nhiên vượt quá định mức quy định (chỉ được khấu trừ phần trong định mức).
II. Điều kiện và hồ sơ bắt buộc để được khấu trừ
- Hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa mua vào.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa mua vào từ 05 triệu đồng trở lên (áp dụng từ 01/07/2025 theo Luật Thuế GTGT 2024).
- Biên bản kiểm kê giá trị tài sản, hàng hóa bị tổn thất tại hiện trường.
- Bảng kê xuất nhập tồn hàng hóa bị tổn thất có xác nhận (ký, đóng dấu) của đại diện pháp luật doanh nghiệp.
- Hồ sơ xác định trách nhiệm bồi thường (nếu có) và chứng từ liên quan đến việc bồi thường (nếu có).
- Văn bản giải trình gửi cơ quan thuế về tổn thất (nếu được yêu cầu).
III. Quy định mới và hướng dẫn bổ sung
- Quy định mới về thanh toán (Quan trọng): Từ ngày 01/07/2025, mọi hóa đơn mua vào có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản ngân hàng, ví điện tử, v.v.) mới đủ điều kiện khấu trừ thuế.
- Chi phí được trừ thuế TNDN: Phần giá trị tổn thất không được bồi thường (sau khi đã trừ phần được bảo hiểm hoặc cá nhân khác bồi thường) sẽ được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
- Xử lý mất hóa đơn do thiên tai, hỏa hoạn:
- Doanh nghiệp phải nộp báo cáo mất, cháy, hỏng hóa đơn cho cơ quan thuế chậm nhất không quá 05 ngày làm việc kể từ ngày xảy ra sự việc.
- Được sử dụng bản sao hóa đơn có ký xác nhận, đóng dấu của người bán kèm theo biên bản ghi nhận sự việc để kê khai thuế.
Ví dụ thực tế
- Được khấu trừ: Hàng hóa trị giá 100 triệu đồng (thuế GTGT 10 triệu) bị hư hỏng do bão lũ. Doanh nghiệp có biên bản kiểm kê, bảng kê có xác nhận của giám đốc và chứng từ chứng minh không được bảo hiểm bồi thường → Được khấu trừ 10 triệu đồng thuế GTGT đầu vào.
- Không được khấu trừ: Máy móc bị hư hỏng do nhân viên vận hành sai quy trình → Không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào (dù nhân viên có bồi thường hay không), doanh nghiệp phải tự chịu hoặc thu hồi từ nhân viên.
Lưu ý quan trọng
- Doanh nghiệp phải tự xác định và chịu trách nhiệm về tính chính xác của hồ sơ chứng minh tổn thất.
- Toàn bộ hồ sơ (biên bản, bảng kê, chứng từ bồi thường…) phải được lưu trữ đầy đủ tại doanh nghiệp để giải trình khi quyết toán thuế.
