Hóa đơn GTGT đầu vào bị mất vẫn có thể được khấu trừ thuế nếu doanh nghiệp thực hiện đúng quy trình xử lý, có hồ sơ thay thế hợp lệ và đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định pháp luật.
I. Quy trình xử lý và điều kiện khấu trừ thuế với hóa đơn bị mất
1. Thông báo mất hóa đơn cho cơ quan thuế
- Doanh nghiệp phải nộp Báo cáo mất, cháy, hỏng hóa đơn (Mẫu BC21/HĐG hoặc Mẫu TB01/AC tùy theo quy định quản lý áp dụng tại thời điểm) đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
- Thời hạn: Chậm nhất không quá 05 ngày làm việc kể từ ngày xảy ra việc mất hóa đơn.
2. Lập biên bản xác nhận với nhà cung cấp
- Hai bên (bên mua và bên bán) phải lập biên bản ghi nhận sự việc mất hóa đơn.
- Nội dung biên bản cần ghi rõ: Sự việc mất hóa đơn liên 2, thông tin hóa đơn (số, ký hiệu, ngày lập), nguyên nhân mất và cam kết của hai bên về việc mua bán hàng hóa là có thật.
- Biên bản phải có chữ ký của người đại diện pháp luật và đóng dấu của cả hai bên.
3. Chuẩn bị hồ sơ thay thế hóa đơn bị mất để khấu trừ
- Bản sao (chụp/photo) liên 1 của hóa đơn do bên bán cung cấp, có ký xác nhận và đóng dấu (sao y bản chính) của bên bán.
- Biên bản mất hóa đơn đã lập ở bước 2.
- Báo cáo mất hóa đơn đã nộp cho cơ quan thuế.
- Các chứng từ chứng minh giao dịch khác: Hợp đồng, biên bản giao hàng, chứng từ thanh toán.
II. Điều kiện bắt buộc về thanh toán để được khấu trừ
- Thanh toán không dùng tiền mặt: Theo quy định mới tại Luật Thuế GTGT 2024 (hiệu lực từ 01/7/2025), để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, mọi hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ (không phân biệt giá trị) đều phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản ngân hàng, ví điện tử…).
- Áp dụng cho hóa đơn bị mất: Nếu doanh nghiệp chỉ có hồ sơ thay thế (bản sao hóa đơn) nhưng thanh toán bằng tiền mặt, khoản thuế GTGT đầu vào đó sẽ không được khấu trừ.
Ví dụ thực tế
Công ty X làm mất hóa đơn GTGT đầu vào trị giá 50 triệu đồng. Công ty X sẽ được khấu trừ thuế nếu thực hiện đủ các bước:
- Nộp báo cáo mất hóa đơn cho cơ quan thuế đúng hạn (trong 5 ngày làm việc).
- Có biên bản xác nhận mất hóa đơn ký với nhà cung cấp.
- Lưu trữ bản sao hóa đơn liên 1 do nhà cung cấp xác nhận.
- Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho lô hàng này.
Lưu ý quan trọng
- Về xử phạt hành chính: Nếu chậm nộp thông báo mất hóa đơn từ 1-5 ngày làm việc có tình tiết giảm nhẹ thì bị phạt cảnh cáo; chậm từ 1-5 ngày không có giảm nhẹ hoặc chậm từ 6 ngày trở lên sẽ bị phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng tùy mức độ theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
- Hóa đơn mua vào quá 03 tháng kể từ ngày lập mới tìm lại được hoặc mới nhận được thì không được kê khai bổ sung khấu trừ thuế.
