Khi nhận được quyết định thanh tra thuế, doanh nghiệp cần nhanh chóng chuẩn bị đầy đủ các hồ sơ và tài liệu liên quan để phục vụ quá trình làm việc với đoàn thanh tra. Dưới đây là danh mục hồ sơ chính xác và cập nhật theo các quy định mới nhất.
I. Hồ sơ và tài liệu doanh nghiệp cần chuẩn bị ngay khi nhận quyết định thanh tra thuế
1. Hồ sơ pháp lý của công ty
- Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận đầu tư (bản gốc và bản photo công chứng).
- Điều lệ công ty (bao gồm cả các lần sửa đổi).
- Hệ thống các công văn đi và đến liên quan đến cơ quan thuế (đây là cơ sở quan trọng để giải trình các vấn đề đã từng được hướng dẫn).
2. Sổ sách kế toán, tài liệu cơ bản
- Sổ sách kế toán đã in, ký, đóng dấu đầy đủ: Sổ Nhật ký chung, Sổ Cái các tài khoản, Sổ Nhật ký thu/chi, Sổ chi tiết công nợ… (phù hợp với chế độ kế toán đã đăng ký).
- Báo cáo tài chính đã nộp các năm (bản in có xác nhận nộp hoặc bản lưu).
3. Chứng từ kế toán và hóa đơn
- Chứng từ gốc được sắp xếp khoa học theo tháng/quý: Hóa đơn đầu vào/đầu ra kẹp cùng phiếu thu/chi, phiếu nhập/xuất kho, biên bản giao nhận.
- Đối với hóa đơn bị mất: Phải có biên bản báo mất và hồ sơ thông báo với cơ quan thuế.
- Lưu ý quan trọng: Hóa đơn mua hàng từ 20 triệu đồng trở lên (giai đoạn trước 01/7/2025) và từ 05 triệu đồng trở lên (áp dụng từ 01/7/2025 theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP) bắt buộc phải kẹp kèm chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (UNC, Giấy báo nợ).
4. Báo cáo thuế đã nộp
- Toàn bộ tờ khai thuế GTGT, TNDN, TNCN, Tiêu thụ đặc biệt… đã nộp (kèm xác nhận của cơ quan thuế).
- Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn.
- Quyết toán thuế TNDN và TNCN từng năm.
5. Hồ sơ lao động và tiền lương
- Hợp đồng lao động, Phụ lục hợp đồng, Quyết định tăng lương/bổ nhiệm (ký đầy đủ).
- Hệ thống thang bảng lương, Quy chế lương thưởng, Thỏa ước lao động tập thể (đã đăng ký nếu bắt buộc).
- Bảng chấm công, Bảng thanh toán tiền lương hàng tháng (có chữ ký người nhận tiền hoặc chứng từ chuyển khoản lương).
- Hồ sơ đăng ký mã số thuế cá nhân và Cam kết 02/CK-TNCN (đối với lao động thời vụ cam kết chưa đến mức khấu trừ thuế).
6. Sổ chi tiết công nợ và ngân hàng
- Sổ chi tiết công nợ phải thu, phải trả (đã đối chiếu cuối năm).
- Biên bản đối chiếu công nợ tại thời điểm cuối niên độ tài chính (đặc biệt các khoản nợ lớn, tồn đọng lâu).
- Sổ phụ ngân hàng, Giấy báo Nợ/Có sắp xếp theo thời gian.
7. Hồ sơ tài sản và hàng tồn kho
- Hồ sơ tài sản cố định: Hợp đồng mua, hóa đơn, biên bản bàn giao, thẻ tài sản, bảng trích khấu hao đăng ký phương pháp khấu hao.
- Hồ sơ kho: Thẻ kho, bảng tổng hợp Nhập – Xuất – Tồn, Biên bản kiểm kê kho định kỳ.
8. Hồ sơ chuyên ngành (nếu có)
- Hồ sơ xuất nhập khẩu: Tờ khai hải quan, Hợp đồng ngoại thương, Invoice, Packing list, Chứng từ thanh toán quốc tế.
- Hồ sơ dự án đầu tư, xây dựng cơ bản (nếu doanh nghiệp có hoạt động xây dựng).
II. Quy trình và quyền lợi khi thanh tra thuế
- Thời hạn công bố quyết định: Quyết định thanh tra thuế phải được gửi cho doanh nghiệp chậm nhất là 03 ngày làm việc và công bố chậm nhất là 15 ngày kể từ ngày ra quyết định (đối với Kiểm tra thuế là 10 ngày).
- Biên bản: Việc thanh tra sẽ được ghi nhận bằng Biên bản thanh tra/kiểm tra (theo mẫu quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC).
- Quyền của doanh nghiệp: Có quyền giải trình các số liệu chênh lệch, bảo lưu ý kiến vào biên bản nếu không đồng ý với đoàn thanh tra và thực hiện khiếu nại sau đó.
Lưu ý quan trọng
- Sắp xếp hồ sơ khoa học, đánh dấu rõ ràng sẽ giúp rút ngắn thời gian làm việc và tạo thiện cảm với đoàn thanh tra.
- Tuyệt đối không tẩy xóa, sửa chữa chứng từ gốc. Nếu có sai sót, cần lập biên bản điều chỉnh hoặc tờ khai bổ sung hợp lệ.
- Chuẩn bị sẵn file mềm (Excel) các bảng kê mua vào, bán ra, bảng lương… để cung cấp nhanh khi đoàn thanh tra yêu cầu đối chiếu dữ liệu.
