Hướng dẫn lập sổ sách kế toán cho doanh nghiệp siêu nhỏ (A-Z)

Việc lập sổ sách kế toán không chỉ là nghĩa vụ pháp lý mà còn là công cụ quản trị tài chính hiệu quả, đặc biệt với các doanh nghiệp siêu nhỏ (DNSN). Tuy nhiên, nhiều chủ doanh nghiệp vẫn còn lúng túng trước các quy định phức tạp. Để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa quy trình, việc xây dựng một hệ thống sổ sách đơn giản, minh bạch và đầy đủ là vô cùng cần thiết.

Trong bài viết này, Thuận Thiên sẽ hướng dẫn bạn chi tiết từ A-Z cách lập sổ sách kế toán cho doanh nghiệp siêu nhỏ theo quy định mới nhất năm 2025, giúp bạn tự tin hơn trong công tác quản lý tài chính tại doanh nghiệp của mình.

Cơ sở pháp lý

• Luật Kế toán số 88/2015/QH13 ngày 20/11/2015.
• Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa số 04/2017/QH14 ngày 12/6/2017.
• Nghị định 80/2021/NĐ-CP ngày 26/8/2021 hướng dẫn Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa.
• Nghị định 174/2016/NĐ-CP ngày 30/12/2016 quy định chi tiết một số điều của Luật Kế toán.
• Nghị định 41/2018/NĐ-CP ngày 12/3/2018 quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán, kiểm toán độc lập.
• Thông tư 132/2018/TT-BTC ngày 28/12/2018 hướng dẫn Chế độ kế toán cho doanh nghiệp siêu nhỏ.
• Thông tư 133/2016/TT-BTC ngày 26/8/2016 hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp nhỏ và vừa.
• Thông tư 200/2014/TT-BTC ngày 22/12/2014 hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp.
• Thông tư 46/2025/TT-BTC ngày 20/6/2025 sửa đổi, bổ sung một số thông tư trong lĩnh vực kế toán (có hiệu lực từ 01/7/2025).

I. Doanh nghiệp siêu nhỏ là gì? Tiêu chí xác định mới nhất 2025

Trước khi tìm hiểu về quy trình lập sổ sách kế toán cho doanh nghiệp siêu nhỏ, bạn cần xác định chính xác doanh nghiệp của mình có thuộc đối tượng này hay không. Theo Điều 5 Nghị định 80/2021/NĐ-CP, tiêu chí xác định doanh nghiệp siêu nhỏ (DNSN) được quy định rõ ràng dựa trên lĩnh vực hoạt động, số lao động, tổng doanh thu hoặc tổng nguồn vốn.

Việc xác định đúng quy mô rất quan trọng vì nó quyết định chế độ kế toán, nghĩa vụ báo cáo và các ưu đãi mà doanh nghiệp được hưởng (như miễn lệ phí môn bài 3 năm đầu đối với doanh nghiệp chuyển đổi từ hộ kinh doanh).

Lưu ý: Doanh nghiệp được xác định là siêu nhỏ khi đáp ứng tiêu chí về số lao động và một trong hai tiêu chí còn lại (tổng doanh thu hoặc tổng nguồn vốn).

II. Lựa chọn chế độ kế toán áp dụng cho doanh nghiệp siêu nhỏ

Doanh nghiệp siêu nhỏ có quyền lựa chọn áp dụng một trong hai chế độ kế toán phù hợp với đặc điểm hoạt động và yêu cầu quản lý của mình. Đây là điểm ưu việt giúp doanh nghiệp linh hoạt trong công tác kế toán.

1. Áp dụng Chế độ kế toán theo Thông tư 132/2018/TT-BTC

Đây là chế độ kế toán được thiết kế riêng cho DNSN với sự tinh giản, phù hợp với đặc thù của doanh nghiệp quy mô nhỏ, giúp giảm thiểu gánh nặng hành chính và chi phí tuân thủ. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 15/02/2019 và áp dụng cho năm tài chính bắt đầu hoặc sau ngày 01/04/2019.

2. Lựa chọn Chế độ kế toán theo Thông tư 133/2016/TT-BTC

DNSN cũng có thể lựa chọn áp dụng Chế độ kế toán dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa theo Thông tư 133/2016/TT-BTC nếu thấy phù hợp hơn với yêu cầu quản lý của mình. Việc lựa chọn này phải được thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

3. Nguyên tắc áp dụng và thay đổi chế độ kế toán

• Nhất quán: Doanh nghiệp phải áp dụng chế độ kế toán đã chọn một cách nhất quán trong suốt năm tài chính.
• Thay đổi: Việc thay đổi chế độ kế toán từ năm này sang năm khác chỉ được thực hiện một lần vào thời điểm đầu năm tài chính kế tiếp.

III. Hệ thống chứng từ kế toán cho doanh nghiệp siêu nhỏ

Chứng từ kế toán là bằng chứng ghi nhận các nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh và là căn cứ để ghi sổ kế toán. Chứng từ phải đảm bảo 3 yếu tố: hợp pháp, hợp lệ, hợp lý.

1. Danh mục chứng từ kế toán theo Thông tư 132/2018/TT-BTC

• Phiếu thu tiền mặt (Mẫu số 01-TT)
• Phiếu chi tiền mặt (Mẫu số 02-TT)
• Phiếu nhập kho (Mẫu số 01-VT)
• Phiếu xuất kho (Mẫu số 02-VT)
• Biên bản giao nhận tài sản cố định (Mẫu số 01-TSCĐ)
• Bảng thanh toán tiền lương và các khoản thu nhập của người lao động (Mẫu số 01-LĐTL)

2. Các chứng từ kế toán khác theo quy định pháp luật

• Hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng.
• Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước.
• Giấy báo Nợ, báo Có của ngân hàng.

Lưu ý quan trọng: Doanh nghiệp cần lưu ý các hóa đơn, chứng từ mua hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng (chuyển khoản) mới được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

IV. Danh mục sổ sách kế toán doanh nghiệp siêu nhỏ cần lập

Hệ thống sổ kế toán của DNSN được thiết kế đơn giản hơn nhiều so với doanh nghiệp lớn. Tùy thuộc vào phương pháp nộp thuế TNDN, doanh nghiệp sẽ có những yêu cầu về sổ sách khác nhau.

1. Đối với DNSN nộp thuế TNDN theo phương pháp tính trên thu nhập tính thuế

Doanh nghiệp cần mở các loại sổ sau theo hướng dẫn tại Phụ lục của Thông tư 132/2018/TT-BTC:

• Sổ kế toán tổng hợp (bắt buộc): Sổ Nhật ký sổ cái (Mẫu số S01-DNSN) để ghi nhận toàn bộ các nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
• Sổ kế toán chi tiết (mở tùy theo nhu cầu quản lý): Sổ chi tiết vật liệu, dụng cụ, sản phẩm, hàng hóa (S02-DNSN); Sổ tài sản cố định (S03-DNSN); Sổ chi tiết thanh toán với người mua, người bán (S04-DNSN, S05-DNSN); Sổ chi tiết doanh thu (S06a/S06b-DNSN); Sổ chi phí sản xuất, kinh doanh (S07-DNSN); Sổ theo dõi thuế GTGT (S08-DNSN, S09-DNSN); Sổ tiền gửi ngân hàng (S10-DNSN).

2. Đối với DNSN nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu

Công tác kế toán được đơn giản hóa hơn nữa. Doanh nghiệp không bắt buộc mở các tài khoản kế toán chi tiết mà chỉ cần ghi chép trên Sổ Nhật ký sổ cái (Mẫu S01-DNSN) và mở các sổ chi tiết để theo dõi các khoản cần thiết cho việc xác định nghĩa vụ thuế như: doanh thu, tiền lương, các khoản phải nộp ngân sách nhà nước.

3. Quy định về tự thiết kế biểu mẫu sổ sách

Doanh nghiệp siêu nhỏ được quyền tự thiết kế biểu mẫu chứng từ và sổ sách kế toán cho phù hợp với đặc thù kinh doanh nhưng phải đảm bảo minh bạch, đầy đủ, dễ so sánh, đối chiếu và có đủ các nội dung chủ yếu theo Luật Kế toán. Nếu không tự xây dựng được, doanh nghiệp có thể áp dụng biểu mẫu theo hướng dẫn tại Thông tư 132/2018/TT-BTC. Đặc biệt, từ ngày 01/7/2025, theo Thông tư 46/2025/TT-BTC, quy định này càng được nới lỏng, cho phép doanh nghiệp sửa đổi, bổ sung biểu mẫu linh hoạt hơn.

V. Quy trình 7 bước lập sổ sách kế toán chi tiết

Việc lập sổ sách kế toán cần tuân thủ quy trình chặt chẽ để đảm bảo tính chính xác và tuân thủ pháp luật. Dưới đây là quy trình chi tiết mà DNSN cần thực hiện.

1. Bước 1: Tập hợp và kiểm tra chứng từ: Thu thập đầy đủ các chứng từ gốc (hóa đơn, phiếu thu/chi, báo cáo ngân hàng…) và kiểm tra kỹ lưỡng tính hợp pháp, hợp lệ, hợp lý.
2. Bước 2: Phân loại và sắp xếp chứng từ: Phân loại chứng từ theo từng loại nghiệp vụ (tiền mặt, ngân hàng, mua hàng, bán hàng…) và sắp xếp theo trình tự thời gian phát sinh.
3. Bước 3: Mở sổ kế toán: Sổ kế toán phải được mở vào đầu kỳ kế toán năm (hoặc từ ngày thành lập đối với doanh nghiệp mới) và phải có đầy đủ chữ ký của người đại diện pháp luật, người phụ trách kế toán.
4. Bước 4: Ghi sổ kế toán: Căn cứ vào chứng từ đã được kiểm tra, kế toán tiến hành ghi chép vào các sổ kế toán tương ứng (Sổ Nhật ký sổ cái và các sổ chi tiết) theo trình tự thời gian.
5. Bước 5: Tổng hợp và đối chiếu số liệu: Cuối kỳ (tháng/quý), kế toán tổng hợp số liệu từ các sổ chi tiết lên sổ tổng hợp, đối chiếu số dư tiền mặt, tiền gửi ngân hàng, công nợ… để đảm bảo sự khớp đúng.
6. Bước 6: Lập báo cáo tài chính (nếu có): Dựa trên số liệu đã được tổng hợp và đối chiếu, doanh nghiệp tiến hành lập báo cáo tài chính theo quy định (nếu thuộc đối tượng phải lập).
7. Bước 7: Khóa sổ và lưu trữ: Cuối năm tài chính, kế toán tiến hành khóa sổ kế toán. Toàn bộ chứng từ, sổ sách phải được in, đóng thành quyển và lưu trữ theo đúng quy định.

VI. Báo cáo tài chính của doanh nghiệp siêu nhỏ

Báo cáo tài chính (BCTC) dùng để cung cấp thông tin về tình hình tài chính, kết quả kinh doanh của doanh nghiệp. Quy định về việc lập và nộp BCTC phụ thuộc vào phương pháp nộp thuế TNDN.

1. Đối với DNSN nộp thuế TNDN theo phương pháp tính trên thu nhập tính thuế

Hàng năm, doanh nghiệp phải lập và nộp bộ BCTC cho cơ quan thuế, cơ quan đăng ký kinh doanh chậm nhất là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Bộ BCTC bao gồm:

• Báo cáo tình hình tài chính (Mẫu số B01-DNSN)
• Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh (Mẫu số B02-DNSN)
• Bảng cân đối tài khoản (Mẫu số F01-DNSN)
• Báo cáo tình hình thực hiện nghĩa vụ với ngân sách nhà nước (Mẫu số F02-DNSN)

2. Đối với DNSN nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu

Doanh nghiệp không bắt buộc phải lập và nộp BCTC cho cơ quan thuế. Doanh nghiệp chỉ cần thực hiện các báo cáo và kê khai thuế theo quy định của pháp luật thuế. Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp tự nguyện lập BCTC để phục vụ nhu cầu quản lý nội bộ thì không cần nộp cho cơ quan thuế mà chỉ cần lưu trữ tại doanh nghiệp và xuất trình khi có yêu cầu thanh tra, kiểm tra.

VII. Tổ chức bộ máy và lưu trữ hồ sơ kế toán

1. Tổ chức bộ máy kế toán

Một trong những ưu điểm lớn của DNSN là sự linh hoạt trong tổ chức bộ máy kế toán. Theo Thông tư 132/2018/TT-BTC, DNSN được bố trí người phụ trách kế toán mà không bắt buộc phải có Kế toán trưởng. Doanh nghiệp có thể tự tổ chức thực hiện công tác kế toán hoặc ký hợp đồng với các đơn vị kinh doanh dịch vụ kế toán để thuê ngoài. Việc này giúp các doanh nghiệp như bạn tiết kiệm chi phí mà vẫn đảm bảo tính chuyên nghiệp.

2. Lưu trữ sổ sách và chứng từ kế toán

Việc lưu trữ là nghĩa vụ bắt buộc. Doanh nghiệp phải bảo quản an toàn, đầy đủ, có hệ thống các tài liệu kế toán.

• Thời hạn lưu trữ: Tối thiểu 5 năm đối với chứng từ không sử dụng trực tiếp để ghi sổ và lập BCTC; tối thiểu 10 năm đối với chứng từ dùng để ghi sổ, lập BCTC, sổ kế toán và BCTC năm; vĩnh viễn đối với các tài liệu kế toán mang tính lịch sử, có ý nghĩa quan trọng (như giấy phép kinh doanh).
• Nơi lưu trữ: Tài liệu kế toán phải được lưu trữ tại kho của doanh nghiệp, đảm bảo an toàn, chống cháy, ẩm mốc. Người đại diện pháp luật chịu trách nhiệm về việc bảo quản và cung cấp khi có yêu cầu.

VIII. Một số lưu ý quan trọng khi lập sổ sách kế toán

• Đầy đủ chứng từ: Tuyệt đối không bỏ sót chứng từ, hóa đơn. Đây là bằng chứng quan trọng cho mọi nghiệp vụ và là cơ sở để giải trình với cơ quan thuế.
• Tách bạch tài chính: Phân biệt rõ ràng giữa tài chính cá nhân của chủ doanh nghiệp và tài chính công ty. Mở tài khoản ngân hàng riêng cho công ty là điều cần thiết.
• Ghi chép kịp thời: Thực hiện ghi sổ thường xuyên, tránh dồn chứng từ cuối tháng, cuối quý vì dễ gây sai sót và khó kiểm soát.
• Kiểm tra và đối chiếu: Thường xuyên rà soát, đối chiếu số liệu giữa các sổ, giữa sổ sách và thực tế để phát hiện và xử lý sai sót kịp thời.
• Sử dụng phần mềm kế toán: Cân nhắc sử dụng các phần mềm kế toán như MISA StartBooks, Fast Accounting Online… để tăng tính chính xác, tiết kiệm thời gian và quản lý hiệu quả hơn.
• Cập nhật quy định: Luật và các thông tư về kế toán, thuế thường xuyên thay đổi. Doanh nghiệp cần chủ động cập nhật để đảm bảo tuân thủ.

IX. Tóm tắt hướng dẫn lập sổ sách kế toán cho doanh nghiệp siêu nhỏ 2025

Như vậy, việc lập sổ sách kế toán cho doanh nghiệp siêu nhỏ đã được đơn giản hóa rất nhiều qua Thông tư 132/2018/TT-BTC. Chìa khóa để thực hiện đúng và đủ là nắm vững tiêu chí xác định quy mô doanh nghiệp, lựa chọn phương pháp kế toán phù hợp và tuân thủ quy trình ghi chép, lưu trữ một cách khoa học. Việc tuân thủ không chỉ giúp doanh nghiệp hoạt động hợp pháp mà còn tạo nền tảng vững chắc cho sự phát triển bền vững.